考馬斯亮藍（Coomassie brilliant blue）是兩種相似三苯甲烷染料的總稱，有G250和R250兩種，結構上前者比后者多了2個甲基，命名上“G”為Green 的縮寫，因G250的藍色染料泛淺綠色；命名上“R”為Red的縮寫，因R250的藍色染料呈微紅色調(diào)；“250”表示考馬斯亮藍的純度。生化實驗中常將考馬斯亮藍用于蛋白定量和蛋白電泳中蛋白染色。工作原理是：通過與蛋白質(zhì)內(nèi)的氨基和羧基基團間的靜電結合作用以及范德華力，考馬斯亮藍與蛋白質(zhì)形成強但非共價鍵連接的復合物。蛋白-染料復合物的形成穩(wěn)定染料攜帶的負電荷陰離子（如磺酸基），從而產(chǎn)生在膜上或者膠上肉眼可見的藍色。

考馬斯亮藍R250（Coomassie brilliant blue R250）更多用于電泳蛋白的染色，染色靈敏度比氨基黑高5倍，可達0.1 µg蛋白。但是染色背景比較深，需要褪色后才能進行蛋白條帶的觀察。考馬斯亮藍G250對蛋白膠染色的靈敏度相對較差，最低檢測到0.5 µg蛋白。但是因其在三氯乙酸中不溶而以膠體形式存在，選擇性的和蛋白質(zhì)結合形成復合物，染色迅速，著色深的蛋白質(zhì)條帶數(shù)秒內(nèi)可以顯現(xiàn)出來，約45 min后著色最深。而且染色背景低，不需要脫色即可進行蛋白條帶的觀察。因此，非常適合對電泳凝膠蛋白的快速定性分析。

考馬斯亮藍G250較多的用于溶液體系中蛋白的定量分析，即Bradford蛋白結合檢測法（Bradford protein-binding assay），此方法利用的就是G250與蛋白質(zhì)結合的特性，Bradford試劑（也就是酸化的G250溶液）為陽離子，主要為雙質(zhì)子化，溶液為紅色，其最大吸收波長（Amax）為470 nm。當與蛋白穩(wěn)定結合后，G250以陽離子，非質(zhì)子化的形式存在，溶液變?yōu)樗{色，最大吸收波長遷移到595 nm。藍色陽離子形式染料的量與樣本中蛋白的量成正比，因此通過直接測定595 nm的吸光度來反映蛋白量。此法的優(yōu)點在于G250與蛋白質(zhì)結合所需的時間較短（約2 min左右），且結合的G250-蛋白質(zhì)復合物室溫下約1 h內(nèi)保持穩(wěn)定。反應靈敏度高，是一種非常常用的微量蛋白快速定量方法。

考馬斯亮藍R250（Coomassie brilliant blue R250）。λmax=560―590nm。染色靈敏度比氨基黑高5倍。尤其適用于SDS電泳微量蛋白質(zhì)染色。它與不同蛋白質(zhì)結合呈現(xiàn)出基本相同的顏色，并且在比較寬的范圍內(nèi)，掃描峰的面積與蛋白量呈線性關系。但蛋白質(zhì)濃度超出一定范圍時，對高濃度蛋白的染色不符合Beer定律，用作定量分析時要注意這點。

考馬斯亮藍R250 和G250在用途上有什么區(qū)別?

R250中的R代表Red,偏紅,R250屬于慢染,脫色脫的完全,主要用于電泳染色
λmax=560―590nm.染色靈敏度比氨基黑高5倍.尤其適用于SDS電泳微量蛋白質(zhì)染色.但蛋白質(zhì)濃度超出一定范圍時,對高濃度蛋白的染色不符合Beer定律,用作定量分析時要注意.
G250中的G就是Green,偏綠,G250屬于快染,脫色脫的不徹底,主要用于蛋白測定
比考馬斯亮藍R250多二個甲基.;λmax=590―610nm.染色靈敏度不如R250,但比氨基黑高3倍.優(yōu)點在于它在三氯乙酸中不溶而成膠體,能選擇地染色蛋白而幾乎無本底色.所以常用于需要重復性好和穩(wěn)定的染色,適于作定量分析.