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裂解液中的去垢劑濃度太高或配方過于劇烈：此時(shí)降低去垢劑濃度或更換去垢劑種類；
受蛋白的亞細(xì)胞定位影響：應(yīng)重新選擇裂解液配方來(lái)釋放目的蛋白；
蛋白與蛋白之間的相互作用太弱或不太穩(wěn)定：應(yīng)選擇親和力更高的抗體以捕獲更多的目的蛋白，從而捕獲更多的相互作用蛋白；過表達(dá)提高目的蛋白的含量：選擇目的蛋白或相互作用蛋白含量高的樣品進(jìn)行免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)。